Um den Portfolio Manager Server zu konfigurieren, wird bei dessen Installation auch das Konfigurations-Werkzeug mit installiert. Es kann verwendet werden, um den Portfolio Manager Server direkt auf dem Server-Rechner selbst zu konfigurieren. Der Portfolio Manager Server kann auch indirekt über einen beliebigen anderen Rechner, auf dem dann aber auch die entsprechende Installation der Server-Komponente stattfinden muss, konfiguriert werden.
Sie können das Werkzeug über den Befehl <Server konfigurieren> im Windows-Startmenü starten. Dann steht Ihnen die folgende Konfigurations-Oberfläche zur Verfügung.
Der überwiegende Teil der Konfiguration kann nicht verändert werden, während der Portfolio Manager Server läuft. Die entsprechenden Buttons und Befehle sind dann deaktiviert.
Es ist aber insbesondere möglich, neue Server-Instanzen zu konfigurieren, oder die Anzahl der Backends bei bestehenden Server-Instanzen zu erhöhen. Auch können unbenutzte Server-Instanzen abgemeldet werden.